華為云助力新冠病毒基因自動化鑒定云平臺上線
2月10日,由中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所、中國科學(xué)院上海巴斯德研究所共同開發(fā),由華為云提供技術(shù)支撐的新冠病毒基因組自動化鑒定平臺(Virus Identification Cloud, VIC)正式上線,將推動疫情的診治與防控,大幅提高診斷效率。
如何精準(zhǔn)高效地診斷病人是否感染新型冠狀病毒,是當(dāng)前防控工作的關(guān)鍵問題。國家衛(wèi)健委發(fā)布的《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第五版)》,對鑒別診斷要求,“單從臨床表現(xiàn)、胸部影像學(xué)難以鑒別,需依靠病原學(xué)檢測來區(qū)分!
基因組測序是新型冠狀病毒疑似病例確診的病原學(xué)證據(jù)之一,是病毒朔源、變異進(jìn)化、致病機(jī)理等研究的基礎(chǔ)性工作,在疫情防控、疾病診治、藥物篩選、疫苗設(shè)計(jì)等工作中也發(fā)揮著不可替代的基礎(chǔ)性的作用,與國家衛(wèi)健委要求高度契合。
圖:病毒采樣與分析流程
VIC平臺直接對接二代基因測序原始數(shù)據(jù),具有對數(shù)據(jù)全自動質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能,實(shí)現(xiàn)了快速檢測樣本中可能存在的包括新型冠狀病毒在內(nèi)的各種病毒,并在線分析其相對載量,基于分析結(jié)果,精準(zhǔn)識別病毒基因特性,監(jiān)測病毒變異趨勢,為后續(xù)的疫苗與藥物研發(fā)提供數(shù)據(jù)支撐。
VIC平臺實(shí)現(xiàn)了從病毒組基因組測序到基因組拼接與鑒定的“一鍵式”自動化服務(wù),極大簡化了操作流程。各醫(yī)院只需上傳病例原始數(shù)據(jù)至云端,即可觸發(fā)自動化的病毒基因分析流程,并獲得該病例的全基因組分析結(jié)果。
華為云容器為VIC平臺提供了自動化測序分析引擎和強(qiáng)大的算力,支持高通量多樣本云端并行分析。分析結(jié)果不僅能為全面分析研究患者的呼吸道病毒組、研究其致病因子提供支撐,還可以幫助醫(yī)院進(jìn)行臨床診斷,為采用相應(yīng)的治療措施提供參考,同時(shí)還可監(jiān)測病毒變異趨勢,便于醫(yī)院各界提前做出應(yīng)對措施。
圖:VIC分析流程
目前,上海市公共衛(wèi)生臨床中心,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院、中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院作為平臺的首批用戶,已在VIC上完成了批量新型冠狀病毒肺炎患者樣本的基因組原始測序數(shù)據(jù)分析。
圖:序列物種分布餅圖
據(jù)悉,在疫情結(jié)束前,VIC面向科研用戶免費(fèi)開放。
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